Следует, однако, отметить недостатки, присущие балльно-экспертным методам:
1. Концентрация научных исследований в нескольких ведущих учреждениях делает затруднительным проведение квалифицированной экспертизы;
2. Система способствует консерватизму в сфере научных исследований, отдавая предпочтение ученым и организациям с уже сложившемся именем в ущерб молодым ученым, новым организациям;
3. Система требует больших финансовых и временных затрат квалифицированных специалистов.
Тем не менее балльно-экспертный метод оценки значимости научных исследований является на сегодня основным при решении вопросов финансирования и поддержки научно-технических разработок как на государственном уровне, так и на уровне конкретной фирмы. В научной литературе обсуждаются предложения по совершенствованию экспертных методов оценки, включая предложения по привлечению ученых из смежных областей и других стран, организация дискуссий между рецензентами и рецензируемыми, определению системы используемых критериев оценки научных исследований. Главным итогом обсуждений явился вывод о необходимости использования количественных показателей для оценки уровня эффективности проводимых научных исследований.