Контроль также является сложным процессом для ТНК. Неприемлем тот факт, что при расширении предприятий увеличивается централизированный контроль их деятельности. Операции в глобальном масштабе в основном увеличивают размер и комплексность бизнеса. Различия в культуре, политике, создавая проблемы при планировании, исполнении плана и отчетности для ТНК, также создают сложности для контроля.
Процесс международного контроля хотя и очень важен для ТНК, но он стоит дороже, чем в случае его проведения внутри страны. Например, международный аудит намного дороже аудита, проведенного корпорациями у себя дома, из-за больших расстояний и сложностей, связанных с коммуникациями. Естественно, расходы при проведении аудита, скажем, американской корпорации «Мариотт», которая действует во многих странах, отличаются от расходов проведения аудита в гостиничной цепи, которая функционируем только в пределах своей страны.
Надо также признать, что система контроля обнаруживает и предотвращает мошенничество, обман и другие криминальные дела, которые могут охватить компанию, нарушая закон. Многие корпорации у себя дома создают целые системы контроля, процедур аудита и соответственно направляют поведение управленцев и других работников. Очевидно то, что законно и допустимо в практике ведения бизнеса в одной стране, может быть незаконным в другой стране. Например, взятки незаконны в Европе, США, России, но применяются на практике в некоторых других странах. Система контроля ТНК должна принимать во внимание эти различия.