Органы исполнительной власти в республиках РФ функционируют, как правило, на основе одного из вышеперечисленных вариантов.
1. Высший орган исполнительной власти республики возглавляет и формирует высшее должностное лицо самостоятельно. В этом случае высший орган исполнительной власти (правительство) полностью ответственно перед высшим должностным лицом субъекта федерации. Это характеризует систему органов исполнительной власти президентских республик.
2. Высший орган исполнительной власти имеет “двойную ответственность”: перед высшим должностным лицом субъекта РФ и законодательным органом субъекта федерации. Высшее должностное лицо не является главой исполнительной власти непосредственно, поскольку имеется должность председателя правительства. Это характерно для смешанных, полупрезидентских республик и большинства краев и областей.
3. При коллегиальной системе формирования и организации исполнительной власти в парламентских республиках исполнительная власть (правительство) формируется представительным законодательным органом власти. Это имеет место в Удмуртской Республике, Республике Дагестан.
Структура республиканских органов исполнительной власти характеризуется большим многообразием, что вытекает из разнообразия моделей организации системы органов исполнительной власти в республиках.
Высшим органом исполнительной власти в республиках является правительство. К его основным полномочиям относятся: осуществление мер по обеспечению законности, прав и свобод граждан, охране собственности и общественного порядка; разработка бюджета субъекта Российской Федерации, обеспечение его исполнения; разработка и представление на утверждение законодательного представительного органа власти проектов планов социально-экономического развития субъекта Российской Федерации, отчетов об их исполнении; формирование органов исполнительной власти субъекта Российской Федерации; управление и распоряжение собственностью субъекта Российской Федерации.
Органами отраслевого управления в системе органов власти республик являются министерства.
В составе субъекта Российской Федерации обычно выделяются города и районы в качестве административно-территориальных единиц. Конституционный Суд РФ подтвердил (в связи с рассмотрением дела, поступившего из Удмуртской Республики) право республик создавать на уровне района, города республиканского значения органы государственной власти с включением их в единую систему исполнительной власти Российской Федерации. На одном уровне, т.е. параллельно, могут существовать органы государственной власти и местного самоуправления. Территориальные единицы иного уровня не имеют такого статуса и в них не могут быть созданы органы государственной власти. На этом уровне публичная власть осуществляется посредством местного самоуправления и его органов, не входящих в систему органов государственной власти.
Орган государственной власти субъекта Российской Федерации не может произвольно по каким-либо мотивам (превышение полномочий, нарушение прав граждан, отсутствие материально-технического обеспечения и т.д.) ликвидировать орган государственной власти административно-территориальной единицы, входящей в состав субъекта Российской Федерации, так как это противоречило бы принципам разделения властей и разграничения полномочий.
Система органов исполнительной власти краев, областей, автономных округов и городов федерального значения формируется ими самостоятельно в соответствии с основами конституционного строя и общими принципами организации власти в субъектах РФ и имеет некоторые особенности по сравнению с республиками. Для организации органов исполнительной власти краев, округов, областей и городов федерального значения характерна двухуровневая система правового регулирования.