В основе получаемых с помощью системного анализа результатов лежит совокупность понятий, центральное место в которой занимает термин «система». Один из основоположников системного подхода - Р.Л. Акофф - считал, что термин «система» используется для обозначения обширного класса явлений. Мы говорим, например, о философских системах, системах чисел, системах связи, системах управления, системах образования, системах оружия. Некоторые из них являются концептуальными конструкциями, другие - физическими сущностями. Первоначально в широком смысле и не очень точно систему можно определить как любую сущность, концептуальную или физическую, которая состоит из взаимозависимых частей.
А.И. Уемов предложил характеризовать систему через системообразующее отношение, интерпретируемое на некотором множестве элементов.
При всей важности этого понятия для современной науки в настоящее время не существует единого общепринятого определения системы. Под системой обычно понимают наличие множества объектов с набором связей между ними и их свойствами. Термин система охватывает очень широкий спектр понятий. Например, существуют горные системы, системы рек и солнечная система как часть нашего физического окружения. При такой трактовке системами являются: машина, собранная из деталей и узлов; живой организм, образуемый совокупностью клеток; производственная система, объединяющая и связывающая в единое целое множество технологических процессов,, коллективы людей, ресурсы и пр. При этом объекты (части системы) функционируют во времени как единое целое. Понятие система связывается с такими категориями, как план, метод, порядок, получающими широкое распространение в различных сферах человеческой деятельности.
Понятие «систематизированное» противоположно понятию «хаотическое». Хаотической ситуацией можно назвать такую, где «все зависит от всего другого», но логика взаимосвязей непонятна. Так как двумя основными целями исследования в любой области являются объяснение и предсказание, то такое положение недопустимо. Поэтому существуют веские мотивы для развития областей знания, которые можно объединить в комплексное целое, части которого оказываются взаимосвязанными, В последнее время в определение системы начинают включать цели, которые она должна достичь в процессе своего функционирования, и наблюдателя - лицо, представляющее объект или процесс в виде системы. Следует отметить, что на разных этапах представления объектов в виде систем можно пользоваться разными определениями, учитывая конкретные особенности проблемы, ради решения которой создается система.
Объект (элемент). Под элементом принято понимать простейшую неделимую часть системы. В общем виде имеется неограниченное множество таких частей, способ выделения которых зависит от формулировки целей анализа и построения системы. Если в качестве элемента системы приняты понятия, связанные между собой определенными отношениями, то имеем дело с символическими (абстрактными) системами. Примером таких систем служат языки, системы исчисления, алгоритмы. Реальные (вещественные, физические) системы включают в себя, по меньшей мере два физических объекта. Создание реальной системы означает, что она синтезируется из некоторых компонентов в следующем порядке: замысел системы, анализ и выделение компонентов, конструирование, компоненты, объединение компонентов в единое целое.